El Órgano de Gobierno es el órgano máximo de administración, gobierno y dirección de la Secretaría Ejecutiva del Sistema Anticorrupción del Estado de Quintana Roo, y se integra de la siguiente manera:

I. El Presidente del Comité de Participación Ciudadana, quien lo presidirá;
II. El titular de la Auditoría Superior del Estado;
III. El titular de la Fiscalía Especializada en Combate a la Corrupción del Estado;
IV. El titular de la Secretaría de la Contraloría del Estado;
V. Un representante del Consejo de la Judicatura del Estado;
VI. El Presidente del Instituto de Acceso a la Información y Protección de Datos Personales del Estado, y
VII. El Presidente del Tribunal de Justicia Administrativa del Estado.